16 июля 1942 г. приказом Наркома Обороны СССР был сформирован Штаб партизанского движения при Военном совете Калининского фронта. Штаб осуществлял руководство партизанским движением на оккупированной противником территории. Сегодня ТЦДНИ хранит документы Штаба - более 2000 единиц хранения, и предоставляет доступ к ним пользователям. На основе документов фонда 479 проводятся исследования партизанского движения, прослеживаются судьбы его участников. Документы Центрального штаба партизанского движения хранятся в Российском государственном архиве социально-политической истории. В Центральном государственном архиве историко-политических документов Санкт-Петербурга (ЦГАИПД СПб) хранится фонд Ленинградского штаба партизанского движения.
16 июля 2021 года в онлайн режиме архивисты ЦГАИПД СПб и ТЦДНИ провели встречу и обсуждение перспектив совместных культурно-просветительских проектов. На мероприятии было заключено соглашение о некоммерческом сотрудничестве архивов.